2011 wurde das Projekt Geschichte Kloster Muri ins Leben gerufen. Projektträgerin ist die Stiftung Geschichte Kloster Muri. Die operativen Geschäfte führt seit 2015 ein Lenkungsausschuss. Eine Fachkommission begleitet die wissenschaftliche Aufarbeitung der Klostergeschichte. Das Hauptziel des Projekts ist die Publikation einer umfassenden Geschichte der Abtei.
Die für die Geschichte des Klosters zentralen Archive in Sarnen, Gries und im Staatsarchiv des Kantons Aargau konnten erschlossen und online zugänglich gemacht werden. Ebenfalls abgeschlossen ist die Katalogisierung und Beschreibung der Murenser Handschriften in der Aargauer Kantonsbibliothek. Die Handschriften der beiden Klöster Muri und Hermetschwil wurden digitalisiert und auf der Plattform e-codices zugänglich gemacht.
Seit Jahren befindet sich das digitale Professbuch der Klöster Muri, Hermetschwil und Habsthal im Auf- und Ausbau. Es werden nicht nur Kurzbiografien der Mönche im Rahmen des Professbuchs aufgearbeitet, sondern beispielsweise auch die Kurzgeschichte der Wirkungsbereiche des Klosters, den klosternahen Betriebe, der Bruderschaften sowie auch die Aufgabenbereiche der jeweiligen Ämter etc.
Die Sammlung Murensia hat es sich zur Aufgabe gemacht, Publikationen und Quellen zu den Themen Kloster Muri und Region Muri zu sammeln, zu sichten und der Forschung zur Verfügung zu stellen. Dazu gehören auch wissenschaftliche Werkzeuge wie Lexika, Nachschlagewerke und Handzeichnungen. Die Sammlung enthält aber auch Bildbestände, Stiche, Zeitungsartikel oder Stammbäume lokaler Geschlechter. Die Bestände der Sammlung Murensia stammen vorab aus Schenkungen, Nachlässen und Aufkäufen.